手术有一定的风险。在眼的屈光系统中，角膜的屈光力占全部屈光力的 70%，角膜屈光力的轻度改变即能明显影响近视的度数。LASIK手术正是通过切削中央角膜，使之变薄而降低其屈光力来达到矫正近视目的的。 但LASIK也可能出现并发症，如感染、欠矫或过矫、角膜穿透、医源性角膜散光、继发性圆锥角膜、角膜瓣不规则、眩光等等。这些并发症如果及时发现并处理得当，大部分不会留下后遗症，也不会影响疗效。但是有些并发症确实妨碍视力恢复，比如术前近视术后过矫成高度近视；或术前无散光，术后成为高度散光等等。如果手术致存留的角膜太薄，则无法采用再次手术予以补救。术中角膜穿透或术后继发严重的圆锥角膜，都可能令患者不得不接受角膜移植手术。
