气交灸的最大害处是操作不当可能导致皮肤灼伤或感染。气交灸作为中医外治法，需由专业人员操作，错误使用可能引发局部组织损伤、瘢痕形成或继发感染，特殊体质人群可能出现过敏反应。
气交灸通过艾绒燃烧产生的热力刺激穴位，温度控制不当易造成皮肤红肿、水疱甚至深度烫伤。部分患者对艾烟敏感可能出现呼吸道刺激症状，长期在密闭空间操作还可能存在一氧化碳中毒风险。糖尿病患者、皮肤感觉障碍者等群体更需谨慎，因其痛觉迟钝可能延误烫伤发现。
极少数情况下，过度灸治可能耗伤人体正气，出现乏力、头晕等气虚症状。自行操作时若消毒不严格，可能引发毛囊炎或蜂窝组织炎，创面处理不当可能遗留色素沉着。孕妇腹部、大血管处等特殊部位施灸存在诱发宫缩或血栓脱落风险。
进行气交灸前应评估体质禁忌，选择正规医疗机构操作。施灸后保持创面清洁干燥，出现持续疼痛、渗液等异常应及时就医。日常可配合艾草泡脚等温和疗法，避免同一部位反复施灸，治疗期间注意补充水分与优质蛋白促进组织修复。
