牙根囊肿不去除可能导致局部骨质破坏、邻牙移位、继发感染甚至颌骨病理性骨折，常见发展过程为慢性炎症扩散、囊肿增大压迫、骨质吸收、功能障碍。
1. 骨质破坏囊肿持续生长会压迫周围骨组织，导致牙槽骨进行性吸收，X线检查可见圆形透射影，需通过根尖切除术或刮治术清除病灶。
2. 邻牙移位增大的囊肿会推挤邻近牙根，造成牙齿松动或排列紊乱，正畸治疗前必须先行囊肿摘除术，必要时配合牙周夹板固定。
3. 继发感染囊肿内液体滞留易滋生细菌，可能急性发作形成脓肿，表现为剧烈跳痛和面部肿胀，需急诊切开引流并静脉注射头孢呋辛等抗生素。
4. 病理性骨折下颌骨大面积骨质破坏后，咀嚼硬物时可能发生骨折，需采用钛板内固定术重建骨结构，术后禁止咬合负重。
发现牙根囊肿应尽早口腔外科干预，日常避免患侧咀嚼，定期拍摄曲面断层片监测骨质变化，术后需保持口腔卫生预防复发。
