苯扎氯铵溶液主要用于皮肤黏膜消毒，使用前需稀释，避免直接接触眼睛和黏膜。具体方法包括创面冲洗、器械浸泡及环境表面擦拭，使用后需用无菌水冲洗接触部位。
处理浅表伤口时，将苯扎氯铵溶液按说明书比例稀释后冲洗创面。适用于擦伤、切割伤等开放性伤口，能有效降低细菌感染概率。冲洗后建议用无菌纱布覆盖，每日更换敷料。不可用于深部腔道或严重污染伤口，这类情况需就医处理。
手术器械或医疗用品消毒时，需完全浸没于配制好的苯扎氯铵溶液中。浸泡时间根据器械材质和污染程度调整，通常不少于30分钟。金属器械使用后须彻底冲洗以防腐蚀，橡胶制品不宜长时间浸泡。消毒后的器械须无菌保存。
用于桌面、设备表面消毒时，可用稀释溶液擦拭或喷洒。重点处理高频接触区域，作用时间保持5分钟以上。避免与肥皂等阴离子表面活性剂同时使用，否则会降低杀菌效果。消毒后建议通风以减少残留刺激。
妇科或泌尿科黏膜冲洗需严格按医用浓度配制，通常采用0.01％-0.05％稀释液。操作时使用专用冲洗器，控制液体流速避免压力过大。出现灼热感应立即停止并用生理盐水冲洗。不建议自行用于阴道或膀胱冲洗。
手术前皮肤准备可用苯扎氯铵溶液替代碘伏，特别适用于碘过敏患者。以圆周运动方式从中心向外擦拭，作用3分钟后再进行穿刺或切口。不可用于破损皮肤或婴幼儿全身性消毒，可能引起皮肤刺激或吸收中毒。
使用苯扎氯铵溶液时须注意个人防护，操作者应戴手套避免直接接触浓缩液。保存于阴凉避光处，稀释液现配现用。若误服需立即就医，眼部接触时用大量清水冲洗15分钟。定期消毒时建议轮换使用不同机制消毒剂，防止微生物产生耐药性。孕妇及儿童使用前应咨询医师，过敏体质者需先行皮肤测试。
