1.病毒分离 大多数埃可病毒可用猴肾细胞培养分离，如加用人胚肺细胞株W1～38则效果更好。2.血清学检查 恢复期血清抗体效价比急性期升高4倍有诊断价值，中和实验是最常使用的病毒鉴定方法，部分血清型如3，6，7，11～15，19～21，24，29型可用血凝抑制试验进行诊断，用聚合酶链反应检测病毒RNA是快速敏感的方法。
应与麻疹，风疹，猩红热，幼儿急疹，口足病等，根据流行病学，典型综合症状及病毒培养分离进行鉴别。1.风疹 主要发生于婴儿，其特征为耳，枕骨下淋巴结肿大，有压痛，而埃可病毒感染为夏季发病，无瘙痒，也无颈后和耳后淋巴结肿大。2.轮状病毒和致病性大肠埃希杆菌引起的腹泻 轮状病毒性腹泻好发于秋，冬季，它与大肠杆菌引起的腹泻脱水症状均较明显，埃可病毒感染多见于婴儿，腹泻为主要症状，一般不出现脱水症状，确诊要依赖病原学和血清学检查。
