生殖器疱疹痊愈后通常不会留疤，但可能遗留暂时性色素沉着或轻微皮肤纹理改变。疱疹愈合过程主要受皮损深度、继发感染、个体修复能力、免疫状态等因素影响。
1、皮损深度浅表性水疱愈合后极少留疤，深达真皮层的溃疡可能形成轻微凹陷。局部可外用重组人表皮生长因子凝胶促进修复。
2、继发感染搔抓或护理不当导致细菌感染会加重瘢痕风险。出现脓性分泌物时可使用莫匹罗星软膏控制感染。
3、修复能力青少年患者恢复较快，中老年或糖尿病患者愈合速度较慢。加强优质蛋白摄入有助于组织再生。
4、免疫状态艾滋病等免疫缺陷患者易反复发作形成慢性溃疡。需系统使用阿昔洛韦等抗病毒药物控制复发。
恢复期避免摩擦患处，保持会阴干燥清洁，适当补充维生素C和锌元素可促进皮肤修复。
