用微波炉加热食物通常不会导致营养大量散失，但部分水溶性维生素可能受热分解。微波加热对食物营养的影响主要取决于加热时间、温度及食物种类。
微波炉通过电磁波使食物中的水分子振动产热，加热速度快且受热均匀，能减少长时间高温导致的营养流失。相比传统水煮或煎炒，微波加热可保留更多水溶性维生素如维生素C和B族维生素，因加热时间短且无须大量水接触。蛋白质、脂肪和碳水化合物等宏量营养素结构稳定，微波加热对其影响较小。矿物质如钙、铁等也不会因微波加热而流失。
部分对热敏感的营养素可能在微波加热过程中部分降解。维生素C在80℃以上开始分解，长时间微波加热绿叶蔬菜可能导致其含量下降。类胡萝卜素等脂溶性维生素耐热性较强，但高温可能降低其生物利用率。多酚类抗氧化物质在高温下也可能部分损失。带皮食物如土豆、红薯微波加热时，外皮能形成保护层减少营养流失。
合理使用微波炉能最大限度保留营养。加热高水分食物时加盖可缩短时间，避免过度加热。切割大块食物成均匀小块有助于受热均匀。酸性食物如番茄微波加热时维生素损失较少。避免使用塑料容器加热油脂含量高的食物，以防有害物质迁移。不同食材可调整功率档位，绿叶蔬菜建议中低功率短时间加热。微波加热后尽快食用，减少反复加热次数。
