男性服用褪黑素可能出现头痛、嗜睡、胃肠不适、内分泌紊乱等副作用。褪黑素作为外源性激素，其影响主要有睡眠节律紊乱、激素水平波动、消化系统反应、情绪异常四个方面。
长期过量服用可能导致生物钟失调，表现为白天困倦或夜间早醒。建议通过调整光照周期改善睡眠，无须药物干预。
外源性褪黑素可能抑制自身分泌功能，与睾酮水平存在潜在相互作用。出现性欲减退需停用并检测激素水平。
部分人群服用后出现恶心、腹痛等胃肠刺激症状。可改用缓释剂型或饭后服用，严重者需停用。
少数使用者报告抑郁情绪加重或梦境异常。与5-羟色胺系统相互作用有关，情绪障碍患者应慎用。
短期小剂量使用相对安全，持续服用超过3个月建议监测肝功能和激素水平，优先通过睡眠卫生调整改善失眠问题。
