胃肠镜检查通常不会产生剧烈疼痛，但可能引起轻度不适或恶心感。检查过程中主要不适来源于内镜通过咽喉或肠道时的牵拉感，现代无痛胃肠镜可通过静脉麻醉实现全程无感。
常规胃肠镜检查时，医生会将内镜经口腔或肛门缓慢插入消化道。胃镜检查可能引发短暂咽喉反射性恶心，肠镜可能因注气扩张肠道产生腹胀或便意。这些反应属于生理性应激，多数患者可耐受。检查前使用的局部麻醉剂能有效降低咽喉敏感性，配合医生指导的呼吸调整可进一步减轻不适。部分医疗机构提供镇静镇痛服务，使用丙泊酚等短效麻醉剂使患者在睡眠中完成检查，完全消除操作过程中的感知。
特殊情况下可能出现较强不适，如肠管迂曲患者肠镜通过转角时可能产生牵涉痛，消化道狭窄或粘连患者进镜阻力增大可能引发痉挛痛。这类情况约占检查总数的少数比例，操作医生会根据实时反应调整进镜力度或改为无痛方式。既往有腹部手术史、肠粘连疾病或痛阈较低的人群，建议优先选择无痛检查方案。
检查后2小时内应禁食禁饮以防误吸，麻醉患者需有人陪同离院。24小时内避免驾驶或高空作业，饮食从流质逐步过渡到普食。出现持续腹痛、呕血或便血需立即就医。定期胃肠镜检查是发现早期消化道病变的有效手段，建议40岁以上人群每3-5年筛查一次。
