甲状腺囊肿多数情况下不会自愈，但部分体积较小、无症状的囊肿可能长期稳定或缓慢缩小。囊肿的发展与囊液吸收、炎症消退等因素相关，通常需要定期复查评估。
1、体积因素直径小于3厘米的单纯性囊肿存在自限性可能，囊壁无血流信号时建议每6-12个月超声随访观察变化。
2、炎症状态亚急性甲状腺炎继发的囊肿可能随炎症消退而缩小，可配合使用非甾体抗炎药缓解症状。
3、囊液性质稀薄浆液性囊液较血性或胶冻状液体更易吸收，穿刺抽液后复发概率较低者可暂不手术。
4、功能影响合并甲亢或压迫气管的囊肿需积极干预，超声引导下硬化治疗或腺叶切除是常用方案。
日常避免颈部受压及高碘饮食，出现声音嘶哑、吞咽困难等压迫症状时应及时就诊。
