新生儿肺动脉高压治好后多数无严重后遗症，少数可能出现肺动脉发育迟缓、运动耐力下降、心脏功能异常或反复呼吸道感染。后遗症风险与治疗时机、原发病因及个体差异有关。
1、肺动脉发育迟缓早产或低体重患儿可能因肺血管发育不成熟遗留轻度肺动脉狭窄，需定期心脏超声监测，必要时通过肺血管扩张药物干预。
2、运动耐力下降部分患儿学龄期可能出现活动后气促，与肺血管重塑相关，可通过循序渐进的康复训练改善心肺功能。
3、心脏功能异常长期高压导致右心室肥厚者可能残留心肌重构，表现为心电图异常或轻度三尖瓣反流，需持续随访心功能指标。
4、呼吸道感染肺血管病变可能增加支气管敏感度，表现为反复喘息，应避免接触烟雾等刺激物，接种流感疫苗预防感染。
建议治愈后每半年复查心脏超声和肺功能，婴幼儿期注意营养支持促进肺发育，避免剧烈哭闹增加心肺负荷。
