大便检测真菌阴性通常提示未检出致病性真菌感染，可能由标本采集不规范、实验室误差、真菌载量低或肠道菌群平衡等因素导致，需结合临床症状综合判断。
1、标本因素粪便样本采集量不足或存放时间过长可能导致假阴性，建议重复检测时规范留取新鲜标本。
2、技术局限常规镜检对低浓度真菌敏感性有限，必要时可采用真菌培养或PCR等分子生物学方法复查。
3、菌群抑制肠道正常菌群可能抑制真菌生长，若患者长期使用益生菌或存在免疫功能低下时需警惕假阴性。
4、间歇排菌部分真菌感染呈间歇性排菌，对持续存在腹泻、腹痛等症状者建议多次送检以提高检出率。
检测阴性但症状持续者应复查并完善血常规、内镜等检查，避免生冷食物刺激胃肠，保持规律作息。
