甲状舌管囊肿通常建议手术治疗，但部分无症状或体积较小的囊肿可暂不手术。
甲状舌管囊肿是胚胎期甲状舌管残留形成的先天性颈部肿物，若囊肿体积小且无感染、压迫症状，可定期观察。临床建议每3-6个月通过超声监测囊肿变化，同时注意避免颈部外伤和呼吸道感染。对于儿童患者，若囊肿未影响吞咽或呼吸功能，可暂缓手术至4岁后实施。
当囊肿反复感染、直径超过2厘米或导致呼吸困难、吞咽障碍时，需行甲状舌管囊肿切除术。手术需完整切除囊肿及相连的甲状舌管，否则易复发。合并急性感染时需先抗感染治疗，常用药物包括头孢克洛干混悬剂、阿莫西林克拉维酸钾片、左氧氟沙星片等。
日常应保持颈部清洁，避免挤压囊肿，出现红肿热痛等感染征象需及时就医。
