鱼腥草入药的部分主要是根和叶子，两者均可用于药用，但具体使用部位需根据病症和药方需求决定。
1、根部：鱼腥草的根部含有丰富的挥发油、黄酮类化合物及多糖等活性成分，具有清热解毒、利尿消肿的功效。常用于治疗肺热咳嗽、咽喉肿痛、尿路感染等疾病。新鲜鱼腥草根可捣碎外敷，用于治疗皮肤炎症或疮疡；干燥后则可煎汤内服，发挥其消炎抗菌的作用。
2、叶子：鱼腥草叶子同样含有挥发油、黄酮类及多种维生素，具有抗菌、抗病毒、增强免疫力的作用。叶子常用于治疗感冒、发热、肺炎等呼吸系统疾病。新鲜叶子可煮水饮用，或制成茶包泡茶；干燥叶子则多用于中药配方中，与其他药材配伍使用。
3、全草使用：在某些药方中，鱼腥草的全草包括根和叶子会被一起使用，以增强其整体药效。全草煎汤内服，可用于治疗湿热黄疸、痢疾等疾病；外敷则可缓解皮肤瘙痒或湿疹。
4、现代研究：现代药理学研究表明，鱼腥草的根和叶子均具有显著的抗菌、抗炎、抗氧化作用。其活性成分如鱼腥草素、槲皮素等，对多种病原微生物有抑制作用，同时能调节免疫系统功能。
5、使用注意：鱼腥草药性偏寒，脾胃虚寒者慎用。内服时应避免过量，以免引起胃肠不适。外敷时需注意皮肤是否过敏，如有不适需立即停用。
鱼腥草作为一种常见的中药材，其根和叶子均具有重要的药用价值。日常使用中，可根据具体需求选择适合的部位。同时，建议在中医师指导下使用，以确保安全性和疗效。饮食上可搭配清淡易消化的食物，避免辛辣刺激；适量运动有助于增强体质，促进药效吸收。
