一.瘘管切开术：是将瘘管全部切开开放.靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下。切刀开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。 手术在骶管麻醉或局麻下进行，患者侧卧位或截石位，首先由外口注入美蓝溶液，确定内口位置，再用探针从外口插入瘿管内.了解瘘管的走行情况及与括约肌的关系。肛瘘切开术的手术步骤：
1、正确探查内口：寻找内口的操作与挂线疗法相同，探得内口后，将探针拉出肛门外，如瘘管弯曲或有分支，探针不能探入内口，则由外口注入1％美蓝色素溶液少许，以确定内口部位，再由外口以有槽探针探查，将管道逐步切开，探查直至探到内口为止。如仔细探查仍不能找到内口，可将疑有病变的肛窦作为内口处理。
2、切开瘘管并充分切除边缘组织：瘘管切开后应检查有无支管，如发现也应切开。瘘管全部切开后即将腐烂肉芽组织搔刮干净，一般不需要将整个瘘管切除，以免创面过大。最后修剪伤口边缘，使伤口呈底小口大的“V”字形，便于伤口深部先行愈合。
3、肛管括约肌切断：术中应仔细摸清探针位置与肛管直肠环的关系，如探针在肛管直肠环下方进入，虽全部切开瘘管及大部外括约肌及相应内括约肌，由于保存了耻骨直肠肌，不致引起肛门失禁，如探针在肛管直肠环上方进入直肠(如括约肌上肛瘘括约肌外肛瘘)，则不可做瘘管切开术，应做挂线疗法或挂线分期手术。第一期将环下方的瘘管切开或切除，环上方瘘管挂上粗丝浅，并扎紧。第二期手术俟大部分外部伤口愈合后，肛管直肠环已有粘连固定，再沿挂线处切开肛管直肠环。
瘘管切开后其后，壁肉芽组织可用刮匙刮去，一般不必切除，以减少出血和避免损伤后壁的括约肌。切除瘘管组织应送病理检查。
4、伤口处理：每日更换敷料一次，最好在排便后进行，伤口内填充敷料逐渐减少，直到肛管内创口愈合为止。每隔数日做直肠指检可以扩张肛管，更可防止桥形粘连避免假愈合。
二.挂线疗法：是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。适用于距肛门3—5cm内，有内外口低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗。被结扎肌肉组织发生血运障碍，逐渐坏死、断开，但因为炎症反应引起的纤维化使切断的肌肉与周围组织粘连.肌肉不会收缩过多且逐渐愈合、从而可防止被切断的肛管直肠环回缩引起的肛门失禁。手术在骶管麻醉或局麻下进行，将探针自外口插入后。循瘘管走向由内口穿出，在内口处探针上缚一消毒的橡皮筋或粗丝线.引导穿过整个瘘管，将内外口之间的皮肤切开后扎紧挂线。
SFT技术,即全电脑肛肠病诊疗系统于检查、治疗与一体，该技术主要应用于肛瘘、肛周脓肿的微创治疗，病变部位由计算机屏幕显示，图像清晰，诊断准确，同时图像可冻结、储存、回放、放大分析、测量计算等并能进行治疗前后对比。
