先天性巨结肠的预后与病变肠段长度、手术时机及术后护理密切相关，多数患儿经规范治疗后肠道功能可接近正常。
病变局限于直肠或乙状结肠的患儿，早期接受根治性手术切除无神经节细胞肠段后，排便功能恢复较好。术后配合扩肛训练和饮食管理，多数患儿可逐渐建立规律排便习惯，生长发育不受明显影响。部分患儿可能出现暂时性肛门失禁或便秘复发，通过生物反馈训练和膳食纤维补充可改善症状。
累及全结肠或更广泛肠段的病例预后相对较差，术后可能长期存在排便次数增多、营养吸收障碍等问题。这类患儿需要持续进行胃肠动力药物辅助治疗，必要时需补充肠内营养制剂。少数合并小肠结肠炎的患儿可能出现反复感染，需定期监测电解质平衡和营养状况。
建议家长定期带孩子复查肛门直肠测压和造影检查，根据排便功能调整康复方案。日常注意记录排便日记，保证每日饮水量，选择高纤维食物如西蓝花、燕麦等。术后出现腹胀、发热等症状时应及时就医，避免发生肠梗阻等并发症。
先天性巨结肠一般不会直接影响宝宝智力发育，但严重并发症可能间接影响认知功能。先天性巨结肠是肠道神经节细胞缺失导致的先天性畸形，主要表现为排便障碍和腹胀。
先天性巨结肠本身属于消化系统结构异常，病变局限于结肠远端神经支配异常区域，与大脑发育无直接关联。多数患儿通过规范治疗可恢复肠道功能，智力发育与同龄儿童无异。早期手术矫正结合术后康复训练能有效改善排便功能，避免长期营养不良对生长发育的影响。
若未及时干预可能因严重并发症间接影响智力。反复肠梗阻导致慢性营养不良可能影响脑部供能，电解质紊乱引发代谢性脑病可能造成短暂认知障碍，败血症等严重感染可能引起全身炎症反应。这些继发问题通过及时医疗干预大多可逆转，但延误治疗可能遗留神经发育迟缓。
建议家长定期监测患儿生长发育指标，保证足够营养摄入，按医嘱进行肠道管理。术后需关注排便功能恢复情况，出现发热、呕吐或精神萎靡应及时就医。日常可通过腹部按摩促进肠蠕动，选择易消化食物减少肠道负担，必要时在医生指导下使用乳果糖口服溶液等缓泻剂辅助排便。
