慢性咽炎与很多疾病的关系都是非常密切的，比如睡眠呼吸暂停疾病(打呼噜)、过敏性疾病、胃食管反流、颈椎疾病等都与慢性咽炎有很密切的关系。慢性咽炎和打呼噜之间的关系是非常密切的。一般打呼噜的患者到医院后，都要进行一次睡眠监测，工作人员在患者的体表安装一些传感器，通过这些传感系统可以清楚地记录患者在睡眠过程中所出现的呼吸气流的变化、血中氧含量的变化，患者打呼噜时会有强大的气流通过咽喉部狭窄的部位，这种气流对咽部黏膜的机械刺激，久而久之就会成为引起慢性咽炎和慢性扁桃体炎的一个重要原因，引起咽部黏膜充血水肿，长期气流摩擦可使黏膜变成羊皮纸样改变。
