三叉神经痛磁场疗法的原理目前还不是十分清楚。可能与下列因素有关：磁场能扩张血管而改善血液循环，增加组织供血、供氧，所以能消除疼痛;降低了感觉神经“激动”(兴奋)性和痛觉传递;降低了引起疼痛的物质浓度，降到疼痛阈值水平之下，而达到止痛目的。
三叉神经痛磁场疗法的方法包括：贴磁法：根据患者的病情，选用不同的磁片，直接贴在疼痛点之上，连续贴敷，直到疼痛消失为止;旋磁法：使用旋磁机，把其磁头放在疼痛点，用转动的磁头治疗，每次治疗持续时间15～30分钟，每日1～2次，复发可再次治疗;脉冲磁法：把磁片置于穴位处，通以低频电流，每日1次。
