原发性生殖器疱疹可能会发生以下并发症：
(1)脑膜炎：常见于原发性生殖器疱疹的女性患者，HSV-l、SV-2型均可引起这种并发症，但以HSV-2型常见，可能通过血行播散所致。常在出现疱疹性损害的1周内发病。表现为发热、剧烈头痛、呕吐、畏光及颈部疼痛，脑脊液检查显示细胞数显著升高、蛋白量轻度升高、糖和氯化物正常。
(2)脑炎：常见于新生儿播散性HSV感染，也可见于其他年龄组。常因局部脑细胞坏死及炎症细胞浸润而出现同侧偏盲或偏瘫。有时确诊较难，需经脑扫描、脑电图或开颅术后方能确诊。这种并发症若不及时治疗，死亡率很高，恢复后多留有后遗症。
