1.胃癌
慢性胃炎的症状如食欲不振、上腹不适、贫血等。少数胃窦胃炎的X线征象与胃癌颇相似，需特别注意鉴别。绝大多数患者胃镜检查及活检有助于鉴别。
2.消化性溃疡
两者均有慢性上腹痛，但消化性溃疡以上腹部规律性、周期性疼痛为主；慢性胃炎为疼痛，且很少有规律性，并以消化不良为主。鉴别依靠X线钡餐透视及胃镜检查。
3.慢性胆道疾病
如慢性胆囊炎、胆石症常有慢性右上腹痛、腹胀、嗳气等消化不良的症状，易误诊为慢性胃炎。但该病胃肠检查无异常发现，胆囊造影及B超异常可最后诊断。
4.其他
如肝炎、肝癌及胰腺疾病亦可因出现食欲缺乏、消化不良等症状而延误诊治。全面细微的查体及有关检查可防止误诊。
