于中麟同样注视学科的建设和发展。为创建首都医科大学品牌，提升首都医科大学的知名度，他于90年代初积极组织、筹建了有北京朝阳医院、北京天坛医院、北京积水潭医院、北京同仁医院、北京宣武医院等众多三甲医院参与的“首都医科大学消化疾病临床研究协作组”。为创建首都医科大学消化病学系奠定基础。为积极推广和普及内镜诊断治疗技术，提高国内学术水平，于中麟组织举办全国性学术交流大型会议，基层医院内镜诊断治疗技术交流，创办北京市消化内镜读片会。

于中麟非常重视年轻医师的培养，为了更好地培养年轻医师，于中麟努力为他们创造各种学习、晋升的机会，并大力帮助。他培养的研究生，如今已成为消化界的领军人物。在他即将离任之年，北京友谊医院消化内科已形成了以张澍田教授为领军人物、冀明、吴咏冬等多位中青年专家为骨干的医院重点学科。