核磁共振与CT的主要区别在于成像原理、适用场景和检查侧重点不同。核磁共振利用磁场和射频波成像，适合观察软组织、神经系统和关节结构；CT通过X射线断层扫描，更擅长显示骨骼、肺部及急诊出血等病变。
核磁共振成像无电离辐射，对软组织分辨率极高，能清晰区分肌肉、韧带、脑组织等结构，尤其适用于脑卒中早期诊断、脊髓病变和关节软骨损伤评估。但检查时间较长，需保持静止15-60分钟，且对体内金属植入物患者有限制。CT扫描速度快，单次检查仅需数秒，对钙化灶、骨折和急性脑出血的显示优于核磁共振，但存在一定辐射量，孕妇需谨慎选择。
核磁共振可多平面重建图像，提供更丰富的代谢和功能信息，如弥散加权成像能发现超早期脑梗死。CT在血管三维重建方面更具优势，CTA能快速评估血管狭窄或动脉瘤。两者在肿瘤诊断中常互补使用，核磁共振判断肿瘤与周围组织关系更精准，CT则更容易发现微小钙化灶。
检查费用方面，核磁共振通常是CT的2-3倍。对于幽闭恐惧症患者，开放式核磁共振设备体验更佳，但图像质量略逊于传统封闭式设备。儿童检查可能需要镇静剂辅助，CT的快速成像特性在这方面更具实用性。
选择检查方式需结合临床需求，骨科外伤首选CT，脑垂体病变推荐核磁共振。实际诊疗中，医生会根据症状、疑似疾病类型和患者个体情况综合判断。检查前应主动告知医生过敏史、妊娠状态及体内金属植入物情况，佩戴心脏起搏器者禁止接受核磁共振检查。