流感病毒感染后遗症多数不严重，但部分患者可能出现持续疲劳、咳嗽或呼吸困难等症状。后遗症严重程度主要与年龄、基础疾病、病毒毒株类型、免疫状态、治疗及时性等因素有关。
多数流感患者康复后无明显后遗症，症状通常在1-2周内逐渐消失。儿童和青壮年群体恢复较快，可能出现短暂乏力或食欲下降，但多数能自行缓解。普通甲型或乙型流感病毒引起的后遗症相对轻微，及时使用奥司他韦等抗病毒药物可降低并发症风险。保持充足休息和水分摄入有助于加速恢复。
少数情况下可能出现较严重的后遗症，多见于老年人、慢性病患者或免疫低下人群。重症流感可能引发病毒性肺炎或心肌炎，导致持续数月的肺功能下降或心悸症状。部分患者报告嗅觉味觉异常持续超过1个月，可能与病毒侵袭神经系统有关。妊娠期感染流感病毒可能增加早产风险，需密切监测胎儿发育。
流感康复后若出现胸痛、持续高热或意识模糊等症状应立即就医。建议高风险人群每年接种流感疫苗，感染后避免剧烈运动，逐步恢复体能训练。饮食上增加优质蛋白和维生素C摄入，如鸡蛋、鱼肉和柑橘类水果，有助于修复受损组织。室内定期通风换气，减少重复感染概率。