骨结核和肺结核的治疗方法主要区别在于抗结核药物疗程长短、是否需要手术干预以及局部治疗方式的不同。肺结核通常采用标准化抗结核药物治疗6-9个月，而骨结核需延长至12-18个月且常需联合手术治疗。两者均需使用异烟肼片、利福平胶囊、吡嗪酰胺片等一线抗结核药物，但骨结核更强调病灶清除和脊柱稳定性重建。
肺结核治疗以药物为主，标准短程化疗方案包含强化期和巩固期，强化期使用异烟肼片、利福平胶囊、吡嗪酰胺片和乙胺丁醇片四联用药，巩固期减少为异烟肼片和利福平胶囊。药物需全程规律服用以防止耐药性产生。骨结核治疗除相同的基础抗结核方案外，还需根据骨质破坏程度决定手术时机。早期骨质破坏局限时可尝试保守治疗，但出现椎体塌陷、神经压迫或寒性脓肿时，需行病灶清除术联合植骨融合内固定术。脊柱结核患者术后需佩戴支具3-6个月保护脊柱稳定性。
局部治疗措施也存在差异，肺结核患者主要关注痰液管理和呼吸道隔离，骨结核则需处理窦道引流或关节制动。脊柱结核急性期需绝对卧床，关节结核需石膏固定防止病理性骨折。两种结核病治疗期间均需密切监测肝功能，但骨结核患者因疗程更长，发生药物性肝损伤概率更高，建议每2个月复查脊柱MRI评估病灶修复情况。耐药结核处理原则相似，需根据药敏试验调整方案，但骨结核耐药病例手术干预概率更高。
结核病患者均需保证每日优质蛋白摄入量，鸡蛋、鱼肉和豆制品有助于组织修复。维生素D钙片可改善骨结核患者的骨质代谢，但需与抗结核药物间隔2小时服用。治疗期间避免剧烈运动，肺结核患者康复期可进行呼吸操训练，骨结核患者需在医生指导下逐步恢复关节活动度。所有结核病患者应单独使用餐具并定期消毒，密切接触者需进行结核菌素试验筛查。