肛周癌需要与痔疮、肛裂、肛周脓肿、尖锐湿疣、克罗恩病肛周病变等疾病相鉴别。这些疾病在症状上可能与肛周癌有相似之处，但病因、治疗及预后差异显著，需通过专科检查明确诊断。
1、痔疮
痔疮是直肠下端或肛管静脉丛曲张形成的团块，主要表现为便血、肛门坠胀感或肿物脱出。与肛周癌不同，痔疮出血多为鲜红色且与排便相关，肿物柔软可回纳。可通过肛门镜鉴别，治疗以调整饮食、温水坐浴为主，严重者需行痔切除术。
2、肛裂
肛裂是肛管皮肤全层纵行裂开形成的溃疡，典型症状为排便时刀割样疼痛和便后滴血。与肛周癌的浸润性生长不同，肛裂病变表浅且位置固定（多见于后正中线）。通过视诊即可鉴别，治疗包括高纤维饮食、局部使用硝酸甘油软膏或利多卡因凝胶缓解症状。
3、肛周脓肿
肛周脓肿是肛腺感染导致的化脓性疾病，表现为肛周红肿热痛伴发热。与肛周癌的慢性病程不同，脓肿起病急且血象升高明显。超声或MRI可鉴别，需切开引流并配合头孢克洛胶囊、甲硝唑片等抗生素治疗。
4、尖锐湿疣
尖锐湿疣由HPV感染引起，肛周可见菜花样赘生物，但质地脆、易出血，与癌变的硬结不同。醋酸白试验或病理活检可确诊，治疗选用咪喹莫特乳膏局部涂抹或冷冻治疗，复发者需用干扰素α2b注射液。
5、克罗恩病肛周病变
克罗恩病可伴发肛瘘、肛周溃疡，但患者常有腹泻、腹痛等肠道症状。肠镜可见节段性肠黏膜铺路石样改变，与肛周癌的孤立病灶不同。治疗需用美沙拉嗪肠溶片控制炎症，复杂肛瘘需挂线疗法。
肛周癌的鉴别诊断需结合病史、体征及影像学检查。日常应保持肛周清洁干燥，避免久坐久站，出现便血、疼痛持续加重或肿块生长迅速时，须及时至肛肠外科就诊。高危人群（如HPV感染者、免疫抑制患者）建议定期进行肛门指检和肛门镜筛查。