肛周脓肿根治术与肛瘘手术的核心区别在于手术目标与操作方式：前者针对急性化脓性感染进行脓液引流和病灶清除，后者则针对慢性瘘管实施管道切除或挂线治疗。
肛周脓肿根治术通常在感染急性期实施，通过切开脓肿引流脓液并彻底清除坏死组织，部分情况下需放置引流条。该手术强调一次性解决感染源，避免复发。术中可能探查潜在瘘管，但若未形成明确瘘管则无需进一步处理。手术创面较大，术后需每日换药促进愈合，恢复期常伴随明显疼痛。
肛瘘手术主要处理已形成的慢性瘘管，常见术式包括瘘管切开术、挂线疗法或肛瘘切除术。手术需完整切除瘘管内外口及周围瘢痕组织，复杂肛瘘可能采用分期手术。挂线疗法通过弹性线缓慢切割瘘管，兼具引流和促进愈合作用。相比脓肿手术，肛瘘手术创面更局限，但技术要求更高，需精准识别瘘管走行以避免损伤肛门括约肌。
术后护理均需保持肛门清洁，但肛瘘手术更强调预防假性愈合。饮食需保证高蛋白、高纤维，避免辛辣刺激。出现发热、剧烈疼痛或异常分泌物应及时复查。两种手术均存在复发可能，肛瘘手术复发率相对更高，与瘘管复杂性直接相关。