儿童扁桃体切除可能带来短期手术风险及长期免疫功能影响，常见危害包括术后出血、感染、咽喉疼痛，以及潜在的上呼吸道感染概率增加。扁桃体作为免疫器官，其切除后可能削弱局部防御能力，但多数情况下可通过其他淋巴组织代偿。
术后出血是扁桃体切除后24小时内需密切观察的并发症，多因手术创面渗血或结痂脱落导致。感染风险集中于术后3-5天，表现为发热、咽部肿胀或脓性分泌物。咽喉疼痛在术后1-2周最为明显，可能影响进食和睡眠。长期来看，部分儿童可能出现反复咽炎或中耳炎，这与扁桃体缺失后鼻咽部细菌定植改变有关。少数儿童术后会出现味觉异常或语音改变，通常与手术损伤周围神经相关。
术后护理需保持口腔清洁，使用生理盐水漱口可降低感染风险。饮食应从流质逐步过渡到软食，避免过热或刺激性食物。恢复期应避免剧烈运动以防创面出血。观察有无持续高热、大量出血或呼吸困难等异常症状，出现时需立即就医。术后1个月需复查评估愈合情况，必要时进行免疫功能检测。