甲硝唑和替硝唑的主要区别在于抗菌谱、代谢特点和不良反应发生率。两者均为硝基咪唑类抗菌药物，主要用于厌氧菌感染和原虫感染的治疗，但替硝唑的抗菌活性更强、半衰期更长、不良反应相对较少。
1、抗菌谱差异
甲硝唑对大多数厌氧菌如脆弱拟杆菌、梭状芽孢杆菌等具有良好抗菌作用，同时是治疗阴道毛滴虫感染的首选药物。替硝唑的抗菌谱与甲硝唑相似，但对部分耐药厌氧菌株的体外抗菌活性更强，对阴道毛滴虫的最低抑菌浓度仅为甲硝唑的1/2。两者均对阿米巴原虫有效，但替硝唑对贾第鞭毛虫的疗效更显著。
2、药代动力学
甲硝唑口服后血药浓度达峰时间为1-2小时，半衰期约8小时，需每日给药2-3次。替硝唑口服吸收更完全，达峰时间缩短至2小时，半衰期延长至12-14小时，通常每日只需给药1-2次。替硝唑的蛋白结合率低于甲硝唑，组织穿透性更好，在脑脊液中的浓度可达血药浓度的88%。
3、不良反应
甲硝唑常见恶心、金属味觉等消化道反应，发生率约15%，长期使用可能引起周围神经病变。替硝唑的消化道反应发生率降至5%以下，神经系统毒性更低，但仍有头痛、眩晕等报道。两者均可能引起双硫仑样反应，服药期间需严格禁酒。甲硝唑的过敏反应表现为皮疹的概率更高。
4、特殊人群用药
甲硝唑可通过胎盘屏障，妊娠早期禁用，哺乳期需暂停哺乳。替硝唑在妊娠期的安全性数据更有限，通常仅用于危及生命的厌氧菌感染。肝功能不全者使用甲硝唑时需减量50%，而替硝唑在轻中度肝损患者中无须调整剂量。替硝唑在儿童用药经验较少，12岁以下儿童慎用。
5、临床应用选择
甲硝唑仍是细菌性阴道病、滴虫性阴道炎的一线用药，其注射剂型更适用于重症腹腔感染。替硝唑更适合需长期间歇给药的慢性感染，如阿米巴肝脓肿的巩固治疗。对于中枢神经系统厌氧菌感染，替硝唑因更好的血脑屏障透过率更具优势。牙周感染治疗中，替硝唑的用药方案更简便。
使用硝基咪唑类药物前应完善病原学检查，避免经验性滥用。治疗期间注意观察神经系统症状，用药超过10天需监测血常规。避免与含乙醇药物同用，与华法林合用时应加强凝血功能监测。建议餐后服药以减少胃肠刺激，完成规定疗程以降低复发风险。用药期间出现严重皮疹或共济失调应立即停药就医。