百香果咬碎或直接吞下均可，具体取决于个人消化能力与食用目的。咬碎有助于释放果肉营养，直接吞咽更适合胃肠敏感者。
百香果果肉包裹种子的假种皮富含维生素C、膳食纤维及类黄酮等活性成分。咬碎食用时，牙齿机械作用可破坏细胞壁结构，促进果胶和可溶性膳食纤维释放，有助于延缓胃排空速度并增强饱腹感。同时，咀嚼过程能刺激唾液淀粉酶分泌，对部分人群可能提升β-胡萝卜素等脂溶性成分的吸收率。但需注意种子外壳较坚硬，过量咀嚼可能增加颞下颌关节负担。
整粒吞咽方式能减少种子破碎带来的涩味体验，适合偏好顺滑口感或存在龋齿、牙周疾病者。完整种子经胃肠消化液作用后，其纤维素骨架仍可发挥促进肠蠕动的作用。但消化不良或肠易激综合征患者可能出现种子滞留引发的腹胀，此类人群建议用滤网分离果汁后饮用。
食用时可结合自身情况选择处理方式，胃肠功能较弱者建议每日摄入不超过2个。若出现口腔黏膜刺痛或腹泻等不适，应立即停用并漱口。保存时需避免冷冻导致果壳脆裂，成熟果实冷藏可维持风味3-5天。