3天胚胎和5天胚胎的主要区别在于发育阶段、细胞数量及移植成功率。3天胚胎处于卵裂期，由6-8个细胞组成；5天胚胎已形成囊胚，细胞分化出内细胞团和滋养层，移植成功率通常更高。
3天胚胎又称卵裂期胚胎，受精后72小时左右形成，细胞呈对称分裂，尚未出现功能分化。此时胚胎评估主要依据细胞均匀度、碎片比例等形态学指标。由于处于早期发育阶段，对培养环境适应性较强，适合部分卵巢储备较差或胚胎发育迟缓的患者选择。但着床前需在子宫内继续发育2-3天，存在自然淘汰风险。
5天胚胎即囊胚期胚胎，已完成第一次细胞分化，形成将来发育为胎儿的内部细胞团和形成胎盘的外部滋养层细胞。其形态结构更接近自然着床状态，与子宫内膜同步性更好。囊胚培养过程会自然淘汰发育潜能差的胚胎，筛选出的优质囊胚移植后临床妊娠率可提高。但延长体外培养对实验室条件要求极高，部分胚胎可能因发育停滞无法形成囊胚。
选择胚胎移植时机需综合评估患者年龄、胚胎质量及既往妊娠史。年轻患者优质胚胎较多时可优先培养至囊胚期，反复移植失败或胚胎数量有限者建议考虑卵裂期移植。无论哪种胚胎，移植后都需保持充足休息，避免剧烈运动和高温环境，遵医嘱规范使用黄体支持药物，移植后12-14天进行血HCG检测确认妊娠。