食物中毒与急性胃肠炎的主要区别在于病因和症状特征。食物中毒通常由摄入被细菌、毒素或化学物质污染的食物引起，而急性胃肠炎多由病毒、细菌或寄生虫感染导致。
食物中毒发病急骤，潜伏期短，多在进食后数小时内出现剧烈呕吐、腹泻，可能伴有神经系统症状如视物模糊或肢体麻木。致病菌产生的毒素可直接刺激胃肠黏膜或作用于神经系统，常见病原包括金黄色葡萄球菌、肉毒杆菌、沙门氏菌等。患者呕吐物中可能含有未消化食物残渣，部分类型会出现特征性表现如肉毒中毒的眼睑下垂、吞咽困难。
急性胃肠炎以腹痛、水样便为主要表现，呕吐程度相对较轻，常伴随发热、乏力等全身症状。轮状病毒、诺如病毒是常见病原体，病程具有自限性，婴幼儿易出现脱水。粪便多呈蛋花汤样，肠鸣音亢进，腹部压痛部位多在脐周。部分细菌性胃肠炎会出现黏液脓血便，与食物中毒的清水样便存在差异。
日常需注意区分两者典型症状，食物中毒患者应立即停止摄入可疑食物，保留样本供检测。急性胃肠炎患者需补充电解质溶液预防脱水，避免高糖饮食刺激肠蠕动。若出现持续高热、血便、意识改变等症状，或婴幼儿、孕妇等特殊人群发病，应及时就医进行粪便常规、血生化等检查，必要时进行病原学检测以明确诊断。