断肢再植的肌腱处理需根据损伤程度选择修复方式，主要包括肌腱吻合、肌腱移植、肌腱转位等方法。肌腱处理是断肢再植手术的关键环节，直接影响术后功能恢复。
肌腱吻合适用于肌腱断裂端对合良好的情况。手术中需彻底清创，清除坏死组织与污染物，使用显微外科技术精确对合肌腱断端，采用不可吸收缝线进行编织缝合或改良Kessler缝合。术后需配合支具固定，避免早期主动活动导致吻合口撕裂。肌腱移植适用于肌腱严重缺损或无法直接吻合的情况。通常选取自体掌长肌腱或趾长伸肌腱作为移植材料，移植前需评估供区功能影响，移植后需保持适当张力，避免过紧或过松影响关节活动。肌腱转位适用于肌腱功能丧失但邻近肌腱功能完好的情况。需选择协同肌或功能相近的肌腱进行转位，术中需调整转位肌腱的走行方向与止点位置，术后需进行针对性康复训练以适应新的力学传导。
断肢再植术后需严格遵循康复计划，早期进行被动活动防止粘连，中期逐步增加主动活动范围，后期强化肌力与协调性训练。日常生活中需避免患肢过度负重或剧烈运动，定期复查评估肌腱愈合情况。饮食上可增加优质蛋白与维生素C摄入，促进肌腱胶原合成，同时保持伤口清洁干燥，预防感染。