卡他莫拉菌肺炎的症状与流感嗜血杆菌肺炎、肺炎链球菌肺炎、支原体肺炎、病毒性肺炎以及肺结核等疾病较为相似。这些疾病均可表现为发热、咳嗽、咳痰等呼吸道症状，需通过病原学检测或影像学检查进行鉴别诊断。
1、流感嗜血杆菌肺炎
流感嗜血杆菌肺炎与卡他莫拉菌肺炎均好发于免疫力低下人群，临床表现以高热、脓性痰、胸痛为主。两者胸片均可显示肺段或肺叶实变，但流感嗜血杆菌肺炎更易合并胸腔积液。确诊需依赖痰培养或PCR检测，治疗首选阿莫西林克拉维酸钾片、头孢呋辛酯片等抗生素。
2、肺炎链球菌肺炎
肺炎链球菌肺炎起病更急骤，典型表现为铁锈色痰和突发寒战，而卡他莫拉菌肺炎痰液多呈黄绿色。胸部CT上前者多见大叶性肺炎改变，后者多为支气管肺炎表现。青霉素V钾片、头孢克洛缓释片对肺炎链球菌肺炎效果显著，但对卡他莫拉菌可能耐药。
3、支原体肺炎
支原体肺炎多见于青少年，以阵发性刺激性干咳为特征，与卡他莫拉菌肺炎的脓痰不同。血清学检测支原体IgM抗体阳性可确诊，治疗需选用阿奇霉素分散片、克拉霉素胶囊等大环内酯类药物，而卡他莫拉菌通常对这类药物敏感性较低。
4、病毒性肺炎
病毒性肺炎多伴随流感样症状如肌肉酸痛、乏力，与卡他莫拉菌肺炎的细菌感染特征不同。CT上病毒性肺炎常表现为间质性改变伴磨玻璃影，确诊需通过咽拭子病毒核酸检测。奥司他韦胶囊、扎那米韦吸入粉雾剂等抗病毒药物对病毒性肺炎有效，但对细菌性肺炎无效。
5、肺结核
肺结核患者多有盗汗、消瘦等消耗症状，与卡他莫拉菌肺炎的急性病程不同。胸部影像学显示肺结核好发上肺野，易形成空洞和钙化灶。确诊需痰涂片找抗酸杆菌，治疗需联合使用异烟肼片、利福平胶囊等抗结核药物，疗程远长于细菌性肺炎。
出现持续咳嗽、发热等症状时应尽早就医，完善血常规、C反应蛋白、胸部影像学等检查。治疗期间需保证充足营养摄入，适量补充维生素C和优质蛋白，避免剧烈运动加重缺氧症状。老年患者及慢性基础疾病人群更需密切观察病情变化，防止进展为重症肺炎。