小儿肛瘘比较特殊，随着生长发育，瘘管有可能完全愈合，所以尽量采用保守治疗即药物治疗。如果药物治疗效果不好，反复发作，要手术治疗。手术分两种，一、表浅的小儿肛瘘直接切开就可以。二、挂线疗法，用于位置比较高的小儿肛瘘。