肛瘘的病因是肛周脓肿。由于腹泻，大便干结，造成肛窦受到擦伤，或是污染物进入肛窦后，堵塞了肛线的开口，造成肛线化脓性的感染。经常吃辛辣刺激性的食物，会增加肛线和肛窦感染的机会。肛窦、肛线发生感染，演变成肛周脓肿，肛周脓肿演变成肛瘘，这就是肛瘘的病因。