肛瘘最典型的症状是肛周长期反复流脓、破溃、肿痛，然后症状缓解。缓解后又开始肿痛、破溃、流脓。长期反复，经久不愈。也有少部分患者是肛门周围有少量分泌物，时有时无，呈间歇性。若过于疲劳，则脓水增多，有时可有粪便流出，无疼痛症状。