肛瘘手术恢复根据个体差异而论，和恢复的时间，患者的病情以及选择的治疗的方法都是息息相关的。较轻的肛瘘手术后两到三周就能够恢复。复杂性肛瘘恢复也是相当复杂，有时需要做好几次手术，可能几个月甚至半年才能恢复。