胚胎停育的发病原因复杂多样,主要与胚胎因素、母体因素、父亲因素、环境因素有着密切的关系。还有50%的患者发生胚胎停育的原因并不明确。发生胚胎停育最主要的原因为胎儿染色体异常引起的胚胎停育。其二,母体方面主要有:第一、感染约占胚胎停育的15%到30%,常见的病原体有弓形虫感染、风疹病毒感染、巨细胞病毒感染、单纯疱疹病毒等感染及其它病原体感染引起的。第二、全身性疾病,如甲状腺功能亢进、甲状腺功能低下、贫血、心脏病等慢性疾病,亦容易引起胚胎停育。孕妇舌头发黑,如检查没有发现贫血或心脏病,是不会引起胚胎停育的。