肛乳头瘤发病原因是由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致。乳头瘤病毒是一种常见的性传播病毒，可通过皮肤和黏膜直接接触传播。性行为是最常见的传播途径，尤其是肛交。乳头瘤病毒也可以通过间接接触传播，如共用毛巾、浴室等。感染乳头瘤病毒后，人的免疫系统并不总是能清除病毒，导致病毒持续存在。持续感染乳头瘤病毒会增加发生肛乳头瘤的患病风险。
肛乳头瘤发病原因具体可归结为乳头瘤病毒感染，特别是高危型乳头瘤病毒（HPV-16和HPV-18）的感染。这些高危型病毒的DNA可以导致细胞的异常增殖和分化，进而形成肛乳头瘤。除了乳头瘤病毒感染，其他因素如免疫系统功能低下、长期吸烟、贫血、长期使用免疫抑制剂等也会增加患肛乳头瘤的风险。此外，年龄、性别、遗传因素等也可能与肛乳头瘤的发病有关。肛乳头瘤的发病原因是多方面共同作用的结果，其中乳头瘤病毒感染起着关键作用。
