第一，会出现术后出血的情况:分原发性与继发性2类，肝切除、单纯囊肿切除、囊肿开窗及囊肿引流等术后均可发生出血。肝断面的出血，肝脏与囊肿剥离面的出血、囊壁边缘的出血、吻合口的出血及由于感染等因素引起的继发性出血等。第二种是术后出现胆瘘，肝切除的断面、囊肿剥离面、囊肿内壁等均可能产生胆瘘。第三种是术后感染。第四种是是术后肠瘘，施行囊肿内引流手术，有发生肠瘘的可能。第四种是术后肝功能不全，对于多囊肝的晚期患者及巨大肝囊肿经肝叶切除或囊肿切除与开窗术后均可能带来肝功能不全。第五种是肿囊复发，孤立性肝囊肿的治疗效果较好，术后极少复发;多发性肝囊肿术后并发症有复发、肝脏受压引起肝功能衰竭和感染。