紫苏的副作用可能包括胃肠不适、过敏反应、光敏性皮炎等，但多数情况下适量食用是安全的。
紫苏作为药食同源的植物，常规食用时副作用较少。部分人群食用后可能出现轻度恶心、腹胀等胃肠反应，这与紫苏中挥发油成分刺激胃肠黏膜有关。新鲜紫苏叶含有较高含量的紫苏醛，过量摄入可能引起口腔黏膜轻微灼热感。紫苏籽油因富含α-亚麻酸，短期内大量服用可能导致稀便或腹泻。紫苏提取物制成的药物制剂可能引发皮肤潮红、瘙痒等过敏表现，尤其对唇形科植物过敏者需谨慎。紫苏中的呋喃香豆素类成分具有光敏性，外敷新鲜叶片后暴露于强光下可能诱发局部红斑。
紫苏相关副作用在特定情况下可能加重。孕妇过量服用紫苏油可能影响凝血功能，手术前两周应停止使用。紫苏与华法林等抗凝药物同服可能增强药效，增加出血风险。紫苏酮成分对部分人群具有神经兴奋作用，癫痫患者需避免大剂量摄入。紫苏制剂与降压药联用可能引起血压过度下降。长期大量食用紫苏籽可能干扰甲状腺对碘的摄取，甲状腺功能异常者应控制摄入量。
日常使用紫苏时建议控制新鲜叶片每日食用量在50克以内，紫苏籽油每日不超过10毫升。出现皮疹、呼吸困难等过敏症状应立即停用并就医。服用抗凝药物、降压药或甲状腺激素替代治疗者使用紫苏制品前应咨询医师。紫苏叶外用后需避免阳光直射，敏感体质者初次食用可先少量尝试。紫苏作为调味品使用时无须过度担忧，但作为药用时需严格遵循医嘱控制剂量。