梭子蟹可能携带寄生虫，但经过充分加热烹饪后通常可安全食用。
梭子蟹作为水生甲壳类动物，生存环境中可能接触肝吸虫、肺吸虫等寄生虫幼虫。这些寄生虫通常通过未煮熟的蟹肉进入人体，可能引起腹痛、腹泻或过敏反应。规范养殖的梭子蟹会经过水质管理和寄生虫监测，寄生虫感染概率相对较低。购买时应选择外壳完整、活动力强的鲜活个体，避免食用死亡时间较长的蟹类。处理时需用刷子清洁蟹壳缝隙，去除鳃部和消化道等易藏匿寄生虫的部位。
个别情况下，野生梭子蟹或运输储存不当的个体可能携带耐高温的罕见寄生虫。免疫功能低下者食用未彻底加热的蟹肉后可能出现持续发热、肝区疼痛等严重症状。部分海域污染的梭子蟹可能携带重金属与寄生虫复合污染，此类情况需通过专业检测才能确认。
建议将梭子蟹在100℃以上高温持续蒸煮15-20分钟，确保中心温度达到彻底杀灭寄生虫的要求。食用时搭配姜醋汁既提升风味又有助消化，但过敏体质者应谨慎食用。储存时需冷藏并在24小时内烹调，反复冻融会增大寄生虫风险。若食用后出现皮肤瘙痒、呕吐等症状应及时就医，并保留剩余食材供检测参考。日常购买可选择信誉良好的商家，避免自行捕捞不明水域的野生蟹类。