肛瘘通常需要手术治疗，非手术方法可能无法彻底治愈。肛瘘是肛周脓肿破溃后形成的异常管道，主要治疗方式有肛瘘切开术、挂线疗法等。
肛瘘的病理特点是肛门腺体感染后形成慢性化脓性通道，由于瘘管壁已纤维化，单纯药物或保守治疗难以使管道闭合。临床数据显示，超过90%的肛瘘患者最终需接受手术治疗。非手术方法如抗生素治疗仅能暂时控制感染，无法消除瘘管结构。中药坐浴等保守疗法对部分表浅瘘管可能缓解症状，但复发率较高。
极少数特殊情况下，如高龄合并严重基础疾病无法耐受手术者，可采用长期引流换药等姑息疗法。但这类方法需要持续护理，且存在反复感染风险。对于单纯性低位肛瘘，部分患者可能通过生物蛋白胶注射等微创方式治疗，但适应症严格且疗效不稳定。
确诊肛瘘后应尽早就医评估手术方案，拖延治疗可能导致瘘管复杂化。术后需保持肛门清洁，每日用高锰酸钾溶液坐浴1-2次，避免久坐久站。饮食宜清淡富含膳食纤维，推荐食用燕麦、西蓝花等促进排便。恢复期禁止剧烈运动，3个月内避免骑自行车等会阴部受压活动。出现发热、创面渗液增多等异常情况需及时复诊。