脑积水手术风险程度与患者个体情况、手术方式及术后护理等因素相关，多数情况下风险可控，但需警惕少数并发症可能。
脑积水手术通常采用脑室-腹腔分流术或第三脑室底造瘘术，这两种术式技术成熟，术后感染、分流管堵塞等并发症概率较低。手术风险与患者年龄、基础疾病相关，婴幼儿因颅骨未闭合可能需更精细操作，老年人合并高血压糖尿病时需加强围手术期管理。分流管位置不当可能导致腹痛或颅内压异常，术后需定期复查CT监测分流效果。术中出血概率不足百分之五，但凝血功能异常者需提前纠正。麻醉风险与其他开颅手术类似，术前评估可有效降低心肺意外。
少数情况下可能出现分流管依赖综合征，表现为头痛呕吐，需紧急调整分流阀压力。颅内感染虽罕见但可能引发脑膜炎，需严格无菌操作。长期并发症包括分流管移位或断裂，儿童患者因生长发育可能需二次手术更换导管。癫痫发作概率与手术入路相关，颞部入路略高于顶部入路。罕见情况下造瘘口可能闭合，导致症状复发需再次干预。
术后应保持伤口清洁干燥，避免剧烈运动防止分流管移位，定期监测体温警惕感染。饮食注意补充优质蛋白促进伤口愈合，如鸡蛋鱼肉等，限制高盐食物预防水肿。康复期可进行适度认知训练，如拼图记忆游戏等，但避免用脑过度。出现持续头痛呕吐或切口渗液时需立即就医。术后三个月内每月复查头颅CT，稳定后改为每半年随访，分流阀压力调整需由神经外科专科医生操作。夜间睡眠可适当抬高床头，有助于脑脊液循环。长期服用抗凝药物者需遵医嘱调整剂量，预防分流管堵塞。