脑积水手术风险程度与患者个体情况、手术方式及术后护理密切相关，多数情况下风险可控，但存在一定并发症概率。
脑积水手术通常采用脑室-腹腔分流术或神经内镜下三脑室造瘘术，这两种术式技术成熟，术后感染、分流管堵塞等并发症发生率较低。手术风险主要与患者年龄、基础疾病相关，婴幼儿因颅骨未闭合可能需多次调整分流管，老年人合并高血压糖尿病时伤口愈合较慢。术中定位精准性直接影响手术效果，现代神经导航技术已大幅降低误伤脑组织的风险。术后需定期复查头颅CT监测脑室变化，早期发现分流异常可及时干预。多数患者术后1-3个月神经功能逐渐恢复，认知障碍和步态异常等症状明显改善。
少数复杂病例可能出现硬膜下血肿、癫痫发作等严重并发症，先天性脑积水患儿可能伴随脑发育不良影响远期预后。颅内感染虽发生率不足5%，但可能需取出分流装置并抗感染治疗。分流管依赖患者终身存在机械故障风险，约15-20%患者10年内需二次手术更换分流系统。罕见情况下，三脑室造瘘术后可能发生基底动脉损伤导致脑干缺血。
脑积水术后应保持伤口清洁干燥，避免剧烈运动导致分流管移位，定期监测体温排除感染。饮食注意补充优质蛋白促进组织修复，如鸡蛋、鱼肉等，限制高盐食物预防颅内压波动。康复期可进行平衡训练改善步态，认知训练帮助功能恢复。出现头痛呕吐、意识改变等异常症状需立即就医，术后1年内每3个月复查头颅影像学检查。夜间睡眠时可适当抬高床头15-30度，有助于减少夜间脑脊液分泌压力。