先天性脑积水手术风险程度与病情严重性及手术方式有关，多数情况下手术风险可控，但需结合个体差异评估。
先天性脑积水手术通常采用脑室-腹腔分流术或内镜下第三脑室造瘘术，这两种术式技术成熟，术后并发症概率较低。手术风险主要与患儿年龄、基础健康状况、脑积水进展速度相关。早期干预的患儿因脑组织代偿能力较强，术后神经功能恢复较好。术中可能出现的风险包括分流管堵塞、感染或过度引流，但通过严格无菌操作和术后监测可有效预防。
少数复杂病例如合并严重颅内畸形或多次手术史，可能增加术中出血、脑组织损伤等风险。极重度脑积水患儿因长期颅内高压导致脑实质严重受损，即使手术成功，神经功能缺损也可能难以完全逆转。术前需通过影像学评估和多学科会诊制定个体化方案，以降低手术风险。
术后需定期复查分流系统功能，监测头围变化及神经发育情况。保持手术切口清洁干燥，避免剧烈碰撞头部。出现发热、呕吐、嗜睡等症状应及时就医。日常护理中注意营养均衡，适当进行康复训练，促进运动及认知功能恢复。家长应记录患儿发育里程碑，定期随访神经外科及康复科。