大蒜根部发霉通常不建议继续食用。霉变可能产生有害物质，存在健康风险。
大蒜根部发霉时，霉菌可能已深入内部组织，即使切除霉变部分，剩余部分仍可能被霉菌毒素污染。常见的霉菌毒素如黄曲霉毒素耐高温，普通烹饪无法完全破坏。食用后可能引发胃肠不适，表现为恶心、呕吐或腹泻。长期摄入低剂量霉菌毒素还可能对肝脏等器官造成慢性损害。新鲜大蒜应表皮干燥完整、无霉斑或软烂，储存时需保持通风干燥，避免潮湿环境加速霉变。
日常储存大蒜时可选择阴凉通风处悬挂保存，或使用透气网袋存放，避免塑料袋密封导致水汽积聚。若发现大蒜发芽但未霉变，可去除芽部后食用，但营养价值和风味会有所下降。购买时注意挑选坚硬饱满、无破损的蒜头，少量多次购买以减少储存时间。霉变食品务必丢弃，不可仅凭外观判断安全性，避免因小失大引发健康问题。