眼睛做手术可能存在后遗症，但发生概率与手术类型、个体差异及术后护理密切相关。常见后遗症包括干眼症、视力回退、眩光、感染等，多数可通过规范操作和科学护理避免或缓解。
干眼症是术后较常见的暂时性不适，因手术暂时影响角膜神经调节导致泪液分泌减少，表现为眼睛干涩、异物感，通常3-6个月可逐渐恢复，使用人工泪液如玻璃酸钠滴眼液能缓解症状。视力回退多发生于高度近视矫正术后，因角膜愈合过程中过度增殖导致，二次增效手术可改善，术前严格筛查角膜厚度能降低风险。眩光现象常见于夜间，尤其瞳孔较大者接受激光类手术时，术前进行暗室瞳孔直径测量可预判，症状明显者可选用抗眩光眼镜辅助。感染性角膜炎属于严重并发症，与术中无菌操作不规范或术后用眼卫生不良有关，需立即使用左氧氟沙星滴眼液等抗生素治疗，严重者可能需角膜移植。极少数患者可能出现圆锥角膜等结构性病变，与术前角膜地形图筛查不充分或自身胶原代谢异常相关，需通过角膜交联术干预。
特殊人群如糖尿病患者可能出现伤口愈合延迟，青光眼患者术后眼压波动风险增高，需在术前全面评估全身状况。部分患者对手术效果预期过高可能导致心理落差，术前充分沟通能减少此类问题。长期使用激素类滴眼液可能引发眼压升高或白内障，需严格遵医嘱控制用药周期。儿童眼球尚在发育期，除特殊情况外一般不推荐实施屈光手术。老年性黄斑变性患者接受白内障手术时可能加速病情进展，需联合眼底评估制定个性化方案。
术后需严格遵循医嘱使用抗生素滴眼液如妥布霉素滴眼液预防感染，避免揉眼、游泳等可能造成伤口损伤的行为，外出佩戴防紫外线眼镜保护角膜，保持规律作息和富含维生素A的饮食如胡萝卜、菠菜促进修复，术后1周、1个月、3个月定期复查角膜愈合情况，出现眼痛、视力骤降等异常症状应立即就医，高度近视者即使术后也需避免剧烈运动防止视网膜脱离，长期面对电子屏幕时遵循20-20-20护眼法则缓解视疲劳。