临床诊断依靠本病的特殊症状、详细饮食史及核黄素治疗的速效反应。实验检查有助于早期诊断，并发现亚临床的生化改变，及时预防。直接测血及尿中核黄素的浓度或排出量并不能真实反映体内核黄素的缺乏情况。目前公认的专一性检测体内核黄素有无缺乏的方法，是测红细胞或全血中谷胱甘肽还原酶活性系数（activationcoefficient，AC）。后者代表红细胞对FAD的饱和程度。正常AC值为0.2～1.2，检测时如加入FAD后AC值升高（大于1.3），则诊断为核黄素缺乏。 核黄素缺乏病的皮肤症状与烟酸缺乏症者有所区别，前者为丝状皮脂溢出，起于鼻唇交界处，而烟酸缺乏症则为皮炎，多见于曝晒或易摩擦的部位。