生鸡蛋可能会引起消化不良，但具体是否发生与个体胃肠功能、食用量等因素有关。生鸡蛋可能携带沙门氏菌等致病微生物，且含有抗胰蛋白酶等影响蛋白质消化的物质。
生鸡蛋的蛋清中含有抗胰蛋白酶，这种物质会抑制人体胰蛋白酶的活性，干扰蛋白质的正常分解吸收。对于胃肠功能较弱的人群，大量食用生鸡蛋可能导致腹胀、腹痛等不适症状。生鸡蛋的蛋白质结构未被加热破坏，分子较大，消化吸收率仅为50％左右，远低于熟鸡蛋的90％以上吸收率。部分人群对生鸡蛋中的某些蛋白质成分敏感，食用后可能诱发胃肠过敏反应，表现为恶心、呕吐或腹泻等症状。
生鸡蛋存在较高的微生物污染风险，沙门氏菌感染是常见问题。这类细菌在鸡蛋形成过程中就可能污染蛋黄，食用后轻则引起胃肠炎症状，重则导致发热、脱水等全身反应。生鸡蛋的粘稠质地可能延缓胃排空速度，增加胃酸分泌负担。长期大量食用可能影响铁、生物素等营养素的吸收，因为生蛋清中的抗生物素蛋白会与生物素结合使其失活。
建议将鸡蛋充分加热至蛋白蛋黄完全凝固后食用，这样既能杀灭致病微生物，又能提高蛋白质消化吸收率。胃肠敏感者应避免食用生鸡蛋，出现持续消化不良症状时需及时就医。日常饮食中注意将鸡蛋与其他富含维生素C的蔬菜水果搭配，有助于提高铁的吸收利用率。
